Mikrotomen är ett instrument för att tillverka ytterst tunna snitt av ditt preparat. Utsnittet kan vara skivor på längden, längdsnitt eller på tvären, tvärsnitt. Är ditt prov lite mjukt och svårhanterligt kan du använda dig av parafin eller vax med låg smältpunkt för att stabilisera provet.
Mikrotomen för sedan provet framåt i väldigt små steg för att kunna skära/hyvla av lager tunna nog att genomlysa med olika typer av ljusmikroskopi så som ljusfältsmikroskopi, mörkfältsmikroskopi, faskontrast, fluorescens, DIC, polarisation etc.
Först när du har en tillräckligt tunn skiva kan du med gott resultat lägga provet på objektglas och under täckglas.